Balgam akışının olduğu akciğer rahatsızlıkları, akıntılı sinüzit, reflü, bademcik enfeksyonları en önemli ağız kokusuna neden olan hastalıklardır.
Ayrıca farklı ağız kokuları bazı hastalıkların tanısında önem taşıyabilir. Örneğin şeker hastalarında asetn, karaciğer rahatsızlıklarında ağır amonyak, bağırsak hastalıklarında dışkıyı andıran bir ağız kokusu meydana gelebilir.