Işın tedavisinden sonra ortaya çıkan zararlar arasında en sık rastlananı ince ve kalınbağırsak lezyonlarıdır. Bu durum bağırsağın yemek borusu ve mideye göre ışınıma daha duyarlı olmasından değil, ışının genellikle geniş, yaygın ve yüksek dozlarda karnın alt bölgesine, özellikle de dölyatağı, yumurtalık ve idrar kesesi tümörlerinde leğen bölgesine uygulanmasından kaynaklanır.
Mide ve yemek borusunda görülen erken ve geç evre lezyonları daha çok akciğer kanseri ya da aortun iki yanındaki lenf bezlerine sıçramış erbezi ve yumurtalık tümörlerinde uygulanan ışın tedavisinden sonra görülür.
İlk lezyonlardan aşırı kanlanma, epitel dökülmesi ve eksüda oluşumu, üst solunum ve sindirim yolları mukozalarında görülür.
Yemek borusunda görülen lezyonlar genellikle yutma güçlüğü, ağrı ve kasılmalara yol açarak düzenli beslenmeyi engeller. Midede salgı yapımının engellenmesi nedeniyle mide sıvısının içerdiği asit azalır. Böylece sindirim güçlüğü görülür. Eğilimi olanlarda ise ülser gelişebilir.
İncebağırsak mukozası ışına önemli ölçüde duyarlıdır. Işınlama birden fazla bağırsak bölümüne yönelik ve çok yaygınsa, erken dönemde kanlanmada artış, ödem, salgıbezi ve örtücü epitel hücreleri yıkımı görülür. Lenf keseciklerinde de örselenme ortaya çıkar. Işınım fenalık duygusu, karın ağrıları, bulantı, kusma, ishal, emilim bozuklukları ve genel durumun bozulmasına yol açar.
Benzer akut tepkiler bu kadar şiddetli olmasa da kalınbağırsağın, özellikle de kalınbağırsağın son bölümlerinin ışınlanmasından sonra da ortaya çıkar. Bu akut tepkiler uygun önlemler ve destek tedaviyle giderilebilir ya da hafifletilebilir. Uygulanan dozun miktarı ve ışınlanan bölgenin büyüklüğüne göre belirtiler ağırlaşabilir.
Geç dönem tepkileri ender görülmekle birlikte çok daha tehlikelidir. Bunlar beklenmedik biçimde, tedaviden yıllar sonra bile ortaya çıkabilir. Işınlama cerrahi girişimden sonra yapılırsa görece daha sık rastlanır ve cerrahi girişimin fistül, yapışıklık, daralma ve mekanik tıkanma gibi kendine özgü komplikasyonlarına eklenir.
Sindirim kanalının farklı bölümlerinde ortaya çıkan yüzeysel akut tepkiler arasında mukozada doku gerilemesi ve mukoza altındaki dokuda yaygın lifsi bağdoku oluşumu sayılabilir. Yüksek doz uygulanırsa lifsi doku oluşumu daha derin dokulara kadar uzanır. Fibroz (bağdoku artışı) iç organın küçük bir bölümünde derinlemesine gelişirse tıkanma riski oldukça yüksektir. Görece ender rastlanmasına karşın, oldukça ağır sonuçlar doğuran, doku ölümüne ve çoğu zaman ölüme yol açan gecikmiş tepkiler daha çok dolaşım yetmezliğine bağlıdır.