Heparin tedavisinin başlıca komplikasyonu kanamadır. Tedavinin kesilmesi genel olarak kanamanın hızla kontrol altına alınabilmesini sağlar; şiddetli kanamalar ise protamin sülfat yardımıyla durdurulabilir. Heparin tedavisinde plazmadaki antitrombin III düzeyi düşer. Bu nedenle, heparin tedavisinin son aşamasındaki hastalarda yeniden pıhtı oluşması riski vardır. Bu hastaların antitrombin III düzeyi normale dönene değin farklı bir pıhtılaşmayı önleyici ilaçla tedaviyi sürdürmeleri gerekir.
Bölgesel kanamanın ortaya çıkması, kanama bölgesinde yerleşmiş olan ve ikinci aşamada ortaya çıkarılabilen bir lezyonun işareti olabilir. Yaygın kanamaların ortaya çıkması ise, ilacın tedavi dozunun aşıldığını ve buna bağlı olarak kanamayı durdurma mekanizmasında bir bozukluk olduğunu gösterir.
Damar içi uygulamalarda, hafif şiddette kanamalar ortaya çıktığında heparinin etkisi 5-6 saat içinde zayıfladığından, tedaviye kısa süre ara vermek yeterlidir.
Daha ağır kanamalarda aşırı miktardaki heparinin etkisini hızla nötrleştirmek amacıyla, 1 mg heparini nötrleştirmek için 1 mg protamin sülfat damar içine verilir. Bu maddeyi kullanırken dikkatli olmak gerekir; nötrleştirilmek istenen heparine oranla “aşırı” miktarda verilen protamin sülfat kendi başına kanamayı durdurucu etki yaparak durumu ağırlaştırabilir. Protamin sülfat dozunu doğru ayarlayabilmek için hastadan alınan kan örneği incelenerek kandaki heparini nötrleştİrebilecek protamin dozu saptanabilir.
