Böbrek dokusu da ışın tedavisinin erken ya da geç dönemdeki etkilerine oldukça duyarlıdır. Işınıma bağlı akut nefrit (böbrek iltihabı) ya geriler, ya da çoğu zaman olduğu gibi kalıcı bağdoku oluşumuyla kronikleşme eğilimi gösterir. Akut nefrit sonucu gelişen yüksek tansiyon, hemen her zaman erken dönemde ortaya çıkarsa da, tedavi başladıktan altı ay sonra belirginleşir. Bunun yanı sıra proteinüri (idrarda protein bulunması) ve ağır kansızlık da görülür.
Yüksek tansiyon, ilerleyici ve ölümcül olabileceği gibi, belirli bir düzeyde kalarak kronik nefritin belirtisi haline gelebilir. Kronik nefrit her zaman akut hastalığı izlemez. Bazen yalnızca birkaç yıl sonra belirti verebilir. Tipik belirtiler göstermeyen kronik böbrek yetmezliği tablosuyla karışarak 10-15 yıl sonra ölümle sonuçlanabilir.
İdrar kesesinden ya da leğen bölgesindeki öteki organlardan (dölyatağı, düzbağırsak, prostat) kaynaklanan tümörler nedeniyle idrar kesisinin ışınlanması, akut sistit (idrar kesesi iltihabı) belirtilerine neden olur.
Işın tedavisi uygulamasından yıllar sonra kronik sistit sürebilir ya da başka etkenlerin araya girmesiyle doku ölümü, ağır kanamalar ve fistül oluşumuna bağlı ağır bir hastalık durumu ortaya çıkabilir.
