Beyin boşluklarından 3. ventrikülün tabanını oluşturan bölümüne hipotaiamus denir. Beden fonksiyonlarının birçoğu buradaki merkezlerden idare edilir. Hipotalamustan salgılanan ve releasing faktör denen birçok ön hormon hipofizi etkiler ve onun bildiğimiz hormonlarını kana vermesini sağlar. Büyüme, vücut ağırlığı, beden ısısı, kan basıncı, su-elektrik metabolizması, cinsel davranışlar hep hipotalamusun kontrolü altındadır. Hipotalamusun ayrıca duyguların fiziksel temelini oluşturduğu da söylenebilir.
